Gundogan kemudian bersinar saat membela klub rival Schalke 04 yaitu Borussia Dortmund.
Gundogan kemudian menjadi pemain kunci Dortmund dan membawa klub itu ke final Liga Champions 2013, meski dikalahkan Bayern Muenchen.
Namun, dia juga berhasil memenangkan trofi Bundesliga musim 2011/12 saat dilatih Jurgen Klopp.
Performanya membuat dia direkrut Manchester City pada 2016. Selama tujuh tahun di City, dia berhasil memenangkan lima trofi Liga Premier Inggris dan akhirnya membantu The Citizens mengangkat piala Liga Champions pertama mereka sepanjang sejarah klub.
Dia mencetak 60 gol selama tujuh tahun bermain di Manchester City.