Dengan berakhirnya laga Grup C, PSS dan Persebaya melaju ke babak perempat final bersama enam tim lain yang sudah menunggu dalam delapan besar sebagai juara dan juara kedua Grup A, B, dan D.
Enam tim ini adalah PSIS Semarang dan Barito Putera (Grup A), Persija Jakarta dan PSM Makassar (Grup B), serta Persib Bandung dan Bali United dari Grup D.
Sesuai jadwal, juara grup akan diadu dengan "runner up" grup lainnya dalam laga perempat final Piala Menpora yang akan berlangsung mulai 9-12 April 2021.
Laga delapan besar ini digelar di Stadion Kanjuruhan Malang, Stadion Maguwoharjo Sleman, dan Stadion Si Jalak Harupat Bandung.
Laga pertama, PSIS Semarang (juara Grup A) akan berhadapan dengan PSM Makassar (runner up Grup B) di Stadion Kanjuruhan Malang pada Jumat, 9 April.
Esoknya, Sabtu 10 April Persija Jakarta (juara Grup B) akan melawan Barito Putera (runner up Grup A) masih di Stadion Kanjuruhan Malang.
Kemudian, laga Persib Bandung (juara Grup D) kontra Persebaya (runner up Grup C) dilangsungkan di Stadion Maguwoharjo, Sleman, pada Minggu 11 April.
Laga terakhir perempat final, PSS Sleman (juara Grup C) menghadapi Bali United (runner up Grup D) diadakan di Stadion Si Jalak Harupat Bandung, Senin 12 April mendatang.
Berikut klasemen akhir babak penyisihan Piala Menpora:
| Grup A | |||||||
| Tim | M | M | I | K | Gol | P | |
| 1 | PSIS Semarang | 3 | 2 | 1 | 0 | 9-6 | 7 |
| 2 | Barito Putera | 3 | 1 | 2 | 0 | 7-6 | 5 |
| 3 | Tira Persikabo | 3 | 0 | 1 | 2 | 4-6 | 1 |
| 4 | Arema FC | 3 | 0 | 2 | 1 | 4-6 | 2 |
| Grup B | |||||||
| Tim | M | M | I | K | Gol | P | |
| 1 | Persija Jakarta | 3 | 2 | 0 | 1 | 6-3 | 6 |
| 2 | PSM Makassar | 3 | 1 | 2 | 0 | 5-3 | 5 |
| 3 | Bhayangkara FC | 3 | 1 | 1 | 1 | 3-3 | 4 |
| 4 | Borneo FC | 3 | 0 | 1 | 2 | 2-7 | 1 |
| Grup C | |||||||
| Tim | M | M | I | K | Gol | P | |
| 1 | PSS Sleman | 4 | 2 | 1 | 1 | 3-2 | 7 |
| 2 | Persebaya | 4 | 2 | 1 | 1 | 4-3 | 7 |
| 3 | Persik Kediri | 4 | 1 | 1 | 2 | 5-6 | 4 |
| 4 | Madura United | 4 | 1 | 1 | 2 | 5-6 | 4 |
| 5 | Persela Lamongan | 4 | 0 | 4 | 0 | 3-3 | 4 |
| Grup D | |||||||
| Tim | M | M | I | K | Gol | P | |
| 1 | Persib Bandung | 3 | 2 | 1 | 0 | 6-3 | 7 |
| 2 | Bali United | 3 | 1 | 2 | 0 | 4-2 | 5 |
| 3 | Persiraja | 3 | 1 | 0 | 2 | 4-5 | 3 |
| 4 | Persita Tangerang |
3 | 0 | 1 | 2 | 3-7 | 1 |
